Mokykla įkurta 1930 m. Oficialus jos atidarymas įvyko 1930 m. spalio 5 d. Ji buvo pastatyta Dvaro gatvėje, pažymėta 129-uoju numeriu. Tai buvo pradinė mokykla, trečioji pagal amžių Šiaulių mieste. Mokykla pavadinta Daktaro Vinco Kudirkos vardu, kadangi 1929 m. sukako 30 metų po V. Kudirkos mirties. Be to, pirmasis mokyklos vedėjas Pranas Naujokaitis buvo kilęs iš Šakių apskrities, o čia visada buvo gyvos V. Kudirkos idėjos. Deja, sovietiniais metais buvo uždraustas šis pavadinimas. Tik nuo 1989 m. liepos 11 d. mokykla vėl gali didžiuotis senuoju savo vardu.

Mokyklai teko išgyventi santvarkų, valdžių kaitą, ji buvo tapusi ir aštuonmete, ir vidurine, ir pagrindine mokykla. Dabar ji – progimnazija, kurioje mokosi labai šaunūs, gabūs ir protingi mokiniai, dirba itin kompetentingi ir dėmesingi mokytojai.